La metodologia di intervento della Psicoterapia Psicoanalitica Fenomenologica si basa sull'impiego della narrazione, dell'ascolto, dell'intuizione, dell'empatia e dell'interpretazione interattiva, alla ricerca dei significati più che dei sintomi e nella condivisione di uno spazio-tempo rinnovati dall'incontro.

Il fattore terapeutico fondamentale della Psicoterapia Psicoanalitica Fenomenologica è la possibilità di un riconoscimento reciproco nella relazione. Tale riconoscimento è sempre attuale e irripetibile e ciò implica una diversa accezione della teoria, che non può essere data una volta per tutte, ma si costruisce e si modifica nell'incontro dialettico dell'esperienza clinica.

La PSICOTERAPIA PSICOANALITICA FENOMENOLOGICA è adatta a chiunque voglia sviluppare consapevolezza di sé e acquisire la capacità di reagire adeguatamente, ma a modo suo, a ciò che gli accade.

Va ricordato che il fondamento della psicoterapia psicoanalitica fenomenologica è la relazione. L'essere-in-relazione è, di per sé, terapeutico. Questo assunto implica la piena accettazione della responsabilità implicita in ogni cura, che va ben oltre i comuni doveri deontologici: la fenomenologia non è tanto un "sapere" da trasmettere, quanto un "modo di relazionarsi" da favorire.

L'esercizio di ogni tipo di attività psicoterapeutica - come indicato nel punto 3 della legge Ordinamento della professione di psicologo - è subordinato a una specifica formazione professionale, da acquisirsi dopo il conseguimento della laurea in psicologia, mediante corsi di specializzazione almeno quadriennali che prevedano adeguata formazione e addestramento in psicoterapia presso scuole di specializzazione universitaria o istituti privati riconosciuti dal MIUR. Nel 2002 l'associazione Aretusa si è costituita come società per dar vita all'istituto Aretusa di Padova, gestore della scuola di Psicoterapia Psicoanalitica Fenomenologica che ha ricevuto il riconoscimento ministeriale in data 16 giugno 2003.